她任校长后，建立了一整套富有特色的教学制度。她是最早提倡在大学里推行学分制、绩点制的教育家之一，更是一位积极的实践者。她认为“人只能靠教育才能成人，人完全是教育的结果”。她还主张教育联系实际，让学校的女青年会办培幼小学，学生轮流任课；组织学生做社会调查，并进行专题研讨。
她的一系列教育改革措施，提高了学生的积极性，拓展了学生的知识面，丰富了学生的实践经验。而女大也因此以“教学质量高、毕业生素质好”而著称。
三
女大虽然只有文理两院，但在吴贻芳的领导下，却十分注重女性优势特点，设立了如社会学系和家政系等全国领先的特色科系。对其社会学系的成就，有学者评论认为：“为我国打开了一条传播社会学与社会工作专业的通道，成为移植西方社会工作专业于我国的重要场所，在普及和发展社会学及社会工作，促进传统慈善事业向现代社会工作的转变方面发挥了积极作用。……在引进西方社会工作理念与方法的同时，并没有完全拘泥于其特定的内容，而是把工作重点放在中国农村。至于抗战期间，为战时后方所开展的社会服务工作，体现了为时代、为中国社会服务的特点。”而家政系，侧重营养学研究和婴幼儿教育，填补了我国高等教育的空白。
她独具匠心，在学生日常学习管理方面采用主辅修制，她曾说：“学生可以选一个主修系，一个辅修系。”这大大扩展了学生的眼界和知识面。到1939年，女大才按当时教育部的要求取消了辅修系。