紧邻蒙古的满族，也与黄教发生了联系。天命六年（天启元年，1621年），努尔哈赤曾将在蒙古传教的藏族喇嘛斡禄打儿罕囊素请到后金，“敕建寺，赐之庄田”[145]。后来，皇太极欲征服蒙古各部，联络西藏，更加重视利用佛教。天聪三年（崇祯二年，1629年），他特为已经去世几年的斡禄打儿罕囊素喇嘛建塔立碑。天聪八年（崇祯七年，1634年），察哈尔的墨尔根喇嘛带着元朝的护法金佛归降后金，皇太极即将他迎入盛京（今沈阳），为之建立实胜寺（黄寺）及四座塔进行供奉。天聪十年（崇祯九年，1636年），皇太极改国号为大清，改年号为崇德。不久，在呼和浩特地区活动的班禅额尔德尼的弟子、蒙古族僧人内齐托因率门徒30人到盛京会见皇太极，受到皇太极的重视，另有格鲁派的东科尔活佛（三世达赖喇嘛派往呼和浩特的高僧）在鄂尔多斯的转世满珠习礼也与皇太极建立了联系。这些联系，成为格鲁派与清朝建立关系的开端。[146]
纳西族居住的丽江地区，自唐以来即与吐蕃接触频繁，明代木氏土司的统治势力不仅囊括中甸、维西、德钦，而且直达巴塘、里塘，以藏传佛教为代表的藏族文化因之进入丽江地区。从各种历史记载来看，明代丽江地区与藏族地区经济、文化的交流是比较频繁的。如万历八年（1580年），三世达赖索南嘉措“倡建理塘寺，云南丽江木氏土司予以赞助”[147]。据《徐霞客游记》的记载，万历三十八年（1610年），西藏地区的佛教领袖“二法王”（二宝法师）曾来到丽江，并由丽江转到鸡足山朝拜。据丽江地区的传说，二宝法师受到了丽江土司的欢迎，在归途中收了六个教徒带去西藏。后来，这六个教徒回到丽江，即修建喇嘛寺传播藏传佛教，丽江地区的五个红教（宁玛派）喇嘛寺（福国寺、指云寺、文峰寺、普济寺、玉峰寺）的修建，都与西藏二宝法师、四宝法师有关。[148]据余庆远《维西见闻录》的记载，当时维西五个红教喇嘛寺，约有红教喇嘛800人，都遵守四宝法师的教规。《徐霞客游记》还说，当时纳西族“头目二三子，必以一子为喇嘛”。土司木增的一个通事是个“居积番货”的商人，丽江北界番地也有贩商。[149]丽江喇嘛教徒都以入藏朝参、学习藏典为生平大愿。