因一手制造了千古奇冤，反共有功，顾祝同在蒋介石心目中的分量越来越重。但顾祝同对蒋一贯绝对服从，从不敢居功自傲。1944年何应钦辞去军政部长一职时，曾向蒋介石推荐由顾祝同继任，未被采纳。有人为顾打抱不平，顾祝同却心中有数，很坦然地说：“我早已向委员长表示过，军政部长只有陈辞修能干。”由于顾祝同一贯忠心事主，从无怨言，深受蒋介石宠信和赏识，蒋介石于1945年1月升顾祝同为赣州行辕主任兼第三战区司令，统一指挥三、七、九战区军政，权力之大，令同行侧目。
抗战八年间，准黄埔系有起有落，何应钦、蒋鼎文、刘峙、钱大钧等人均因种种原因，不是被束之高阁，位高而无实权，就是保持原来位置无进展，更有甚者被削去实权，深受冷落之苦。只有两个人地位不断升迁，这两位便是陈城和顾祝同。
1945年8月，日本战败投降，顾祝同以第三战区司令长官的名义接受驻浙江日军的投降。9月8日又参加了陆军总司令何应钦在南京接受中国战场日军的投降仪式。
