与17世纪初不同，尽管私人在殖民地创建方面的作用仍然明显，但政府大大增强了介入力度，这不仅体现为英王颁布的特许状内容更详细，因而极大限制了殖民地当地的权力，使殖民地更加依附于宗主国，而且体现为特许状的内容更有针对性，突出了政府的意图，重商主义原则得到了更加切实的贯彻。为了加强对殖民地的行政和经济控制，1660年英国设立了咨询性质的“贸易委员会”（Council of Trade）和“对外拓殖委员会”（Council of Foreign Plantation），它们需要定期向国王报告情况和提供建议。1672年，这两个机构合并成“贸易和拓殖联合委员会”（Joint Councilfor Trade and Plantation），其职能是向国王提供有关殖民地及贸易方面的建议，但不久之后又被撤销。1675年，枢密院设立“贵族贸易和拓殖促进会”（Lords of Trade and Plantations），由具有一定地位和影响的人组成，其主要职能是向政府提供殖民地执行关税法的有关情况，推动殖民政策的贯彻执行，强化殖民地对宗主国的服务功能。这些机构的设立表明，复辟政府试图统一管理殖民地问题，重点是维护英国的经济利益。作为宗主国，英国认为建立殖民地并使其为宗主国服务，是重商主义的重要内容和根本目的；执行《航海条例》，既是英国与其他欧洲国家进行竞争的需要，也是各个殖民地的义务，还是宗主国对殖民地提供的实质性保护。但在殖民地看来，《航海条例》毋宁是英国强化对殖民地管理的基本措施，因为它剥夺了殖民地的自主权，限制了殖民地的经济自由，提高了殖民地对外贸易的成本。所以，殖民地的不满和抵制使《航海条例》难以顺畅执行，英国并未达到预期目标。英国强化对殖民地的管理，伴随着殖民地加强抵制和斗争，这样的博弈与英国国内政局的变化联系在一起。