耶律楚材像
进入元朝以后，儒、释、道三教合流的思想继续有所发展。元朝各代皇帝都以西番僧为师，“虽帝后妃主，皆因受戒而为之膜拜”[89]。佛教徒怙势恣睢，气焰熏灼，为害不可胜言。与此同时，又大力推崇儒学，成宗时建宣圣庙于京师，武宗至大元年（1308年）加孔子号为大成至圣文宣王，先后以颜子、曾子、子思、孟子、周敦颐、程颐、程颢、张载、朱熹、司马光、张栻等从祀。仁宗就认为，若论明心见性，自然是佛教为深。但若要修身治国，自非儒教不可。他说：“朕所愿者，安百姓以图至治，然匪用儒士，何以至此。设科取士，庶几得真儒之用，而治道可兴也。”[90]他已认识到，若要治国安邦，释、儒皆不可偏废的道理。
元代尊崇国师，西番僧人有很高的地位。世祖命大臣廉希宪受戒，希宪是儒士，并不信佛，很巧妙地回答说：“臣受孔子戒矣。”世祖从未听说过孔子有什么戒律，很怀疑地问：“孔子亦有戒耶？”希宪回答说：“为臣当忠，为子当孝，孔子之戒，如是而已。”[91]把孔子所提倡的忠孝与佛教戒律相提并论，的确是令世祖满意的回答。大臣孛术鲁翀在翰林院为皇帝讲解经史，有一次皇帝问他儒、释、道三教何者为贵，鲁翀回答说：“释如黄金，道如白璧，儒如五谷。”表面看来，鲁翀把佛、道比作黄金与白璧，的确珍贵无比，儒教只是五谷，其价值与黄金、白璧相去甚远，皇帝大惑不解地问：“若然，则儒贱耶？”鲁翀不慌不忙地说：“黄金、白璧无亦何妨？五谷于世岂可一日阙哉！”[92]黄金、白璧虽贵，但没有它也不影响生活；五谷虽贱，但没有它就要饿肚子，就实用价值来说，五谷在黄金、白璧之上。还有一次，帝师至京师，朝臣一品之下，皆乘白马郊迎。大臣匍匐于地进酒，帝师傲不为礼。只有孛术鲁翀举杯说：“帝师，释迦之徒，天下僧人师也。余，孔子之徒，天下儒人师也。请各不为礼。”[93]这种不卑不亢、非常得体的话，使帝师无话可说，只得笑而举杯饮酒。这段故事说明，佛教虽贵，但并不自居于儒教之上，而是各守其分。