武昌起义胜利，章太炎提出了“革命军起，革命党消”的错误口号，主张解散同盟会，并和一些旧立宪党人在一起，组织中华民国联合会。1912年1月1日，孙中山在南京就任临时大总统，聘任章太炎为总统府枢密顾问，他不肯和孙中山合作，不愿长驻南京，返回上海。2月中旬，在讨论建都问题时，章太炎主张建都北京，拆了孙中山、黄兴的台。5月，黄兴条陈国民捐和劝办国民银行办法，章又以为“勒迫必自之生”，加以反对。南北和议告成，袁世凯上台，他幻想袁世凯能“厉精法治”，“以厝中夏于泰山磐石之安”[12]。中华民国联合会与一些小政团合并，改组为统一党，以后更与民社等并为共和党，推黎元洪为理事长，逐渐变成袁世凯手里的驯服工具。
袁世凯给了章太炎一个总统府高等顾问的空衔，不久又委任其为东三省筹边使，调出北京。章太炎兴致勃勃地跑到东北去“兴办实业”。没有多久，宋教仁被刺，血的教训使他震醒起来，对袁世凯不信任了，但是依靠谁去对付这个掌握兵权的军阀呢？他想到的还是清朝旧军官、民国新军阀黎元洪，章太炎遂跑到武昌，去找这个清朝的湖北新军协统、当时的副总统，结果不得要领。于是由鄂赴京，由京来沪，而他早先提议在东北筹设实业银行的借款，财政部长梁士诒不肯盖章。章太炎“实业计划”落空，感到“大抵政府之与我辈，忌疾甚深，骂亦阻挠，不骂亦阻挠”，于是决计“辞差”，“奉身而退”[13]。