慧能身后,禅宗分成菏泽、青原、南岳三大系统。菏泽神会(?—760年),初师神秀,后投于慧能门下,秘密传法后去岭北传教。当时北宗势力正盛,神会在滑台(今河南滑县)大云寺举行大会,论定达摩一宗的法统,评定南北是非,力争正统,攻击北宗没有得弘忍衣钵,不是正系。批评北宗“师承是旁,法门是渐”,造成了慧能是达摩以来的直接继承者的印象,使南宗势力大增,北宗从此门庭冷落。神会也被尊为七祖,其法统为菏泽宗。弟子有无名、法如等,三传至圭峰宗密,提倡禅教合一。宗密为华严宗传人,菏泽宗至此中绝。
南岳怀让(677—744年),少年出家,在曹溪随慧能学教15年,后往南岳传法。弟子中以道一最为著名。道一(709—788年),俗姓马,后世称马祖。年幼出家,在南岳结庵而居,终日坐禅。怀让问曰:“大德坐禅图什么?”道一答:“图作佛。”怀让乃取一砖在地上磨。道一问:“磨砖作么?”怀让答:“磨作镜”。道一惊异地问:“磨砖岂得成镜耶?”怀让反问:“磨砖既不能成镜,坐禅岂得成佛耶!”[39]道一由此顿悟,深得怀让禅法,往福建、江西一带建立丛林,聚徒说法,弟子众多,禅宗至此大盛。马祖的高徒有怀海(720—814年),在洪州百丈山(今江西奉新)创立禅院,并制定“禅门规式”,为后代奉为圭臬,是为“百丈清规”。唐末五代,怀海的弟子灵祐(771—851年)嗣法,长住潭州沩山(今湖南宁乡)弘道;灵祐的弟子慧寂(814—890年)在袁州(今江西宜春)仰山接化,师资相承,别开一派,称沩仰宗,五代时繁兴一时,至宋4代而亡。怀海的又一弟子希运(?—855年),住高安(今属江西)黄檗山,有弟子义玄(?—867年),在镇州(今河北正定)滹沱河畔建临济院,别成一大宗派,称临济宗。到宋代成为禅宗中最发达的流派。